上海市东方医院南院医学检验科于2020年8月获批上海市公共卫生体系建设三年行动计划（2020-2022年）病原微生物和生物安全重点学科建设。本学科拥有面积约2000平米，集临床、科研和教学于一体的大型标准化医学实验室。其中临床微生物学和分子诊断实验室，为独立设置的加强型生物安全二级实验室，规范开展病原细菌、真菌和病毒的显微镜检查、培养鉴定、药物敏感性试验和PCR、mNGS、质谱等分子诊断技术，是上海市细菌真菌耐药监测网真菌工作组单位和华东地区侵袭性真菌感染工作组牵头单位、上海市检验医师规范化培训基地、上海市浦东新区区域性医联体实验诊断中心。荣获上海市卫生健康系统先进集体和进博会最美服务窗口等荣誉。

经上海市公共卫生重点学科项目建设，筹建了区域感染性疾病诊断中心，具有对新发、突发传染病的检测和确诊能力，实现了发热门诊和社区哨点医院接诊病例的快速检测、快速诊治、快速管理的目标，实现战时公共卫生应急快速检测和平时感染病诊断及耐药检测的有机结合，为国家公共卫生应急救治及配套基础研究和转化研发提供了技术储备和硬件支撑。 

科室是目前有工作人员47人，高级职称5人，中级职称占20人，博士7人，硕士以上人员占50%。工作人员中获全国卫生健康系统新冠肺炎疫情防控工作先进个人1人，五洲女子科技奖获得者1人，上海市优秀技术带头人1人，上海市卫生系统优秀学科带头人1人，浦东新区学科带头人2人，上海市科技启明星1人，上海市青年科技英才扬帆计划1人，上海市卫健委青年人才培养计划4人，浦东新区卫生系统青年医学人才培养计划1人，同济大学优秀青年人才2人。 

近五年，科室承担国家科技重大专项、上海市公共卫生重点学科、国家自然科学基金等纵向课题30余项，经费达1000万余元，发表SCI和核心期刊论文120余篇，主编专著4部，申请专利10余项，获上海市浦东新区科技进步奖二等奖1项。制定国家认可委技术规范1项，执笔撰写行业标准5项、专业指南4项。在病原微生物感染、疑难病实验室诊断、耐药菌分子流行病学和耐药机制研究方面形成特色。 科室是同济大学临床检验诊断学的硕、博士研究生培养点，博士后流动站。科室拥有博士研究生导师2名，硕士研究生导师4名，讲师8名，近年培养研究生10余名。